Военный комиссариат Карасукского района образован 10 ноября 1938 года на основании телеграммы Алтайского крайвоенкома от 08 ноября 1938 года. Для него было выделено помещение заезжего дома колхозника, которое было построено в 1930 году.
На основании Директивы Министра обороны РФ от 04 мая 2007 года №Д-16, с 01 сентября 2007 года военный комиссариат Карасукского и Баганского района переформирован в военный комиссариат г.Карасук, Карасукского и Баганского района Новосибирской области.
На основании Директивы Министра Обороны РФ от 28 августа 2009 года № Д-79, военный комиссариат г. Карасук, Карасукского и Баганского районов Новосибирской области реорганизован путем присоединения в военный комиссариат Новосибирской области (отдел по г. Карасук, Карасукскому и Баганскому районам) с 10 декабря 2009 года.
с 20 июня 2014 года военный комиссариат Новосибирской области переименован в Федеральное казенное учреждение «Военный комиссариат Новосибирской области».
Полное наименование - Федеральное казенное учреждение «Военный комиссариат Новосибирской области по городу Карасук, Карасукскому и Баганскому районам».